實驗室選擇適合的純水系統，有時似乎是一個複雜的過程。 然而， 在開始找尋之前， 花一些時間測底評估您的情況、 考量一些重要的因素， 將使您的選擇過程變得簡單， 並使您對最終的選擇深具信心。
1. 列出您水質的需求
首先， 知道實驗室純水的等級區分想當重要。 這些等級的區分是由標準制定的， 為確保使用者針對特定應用能夠選對水質， 另外亦能對費用有合理的運用 (因 Type 1 超純水製造機通常較 Type 2, 3 純水製造機昂貴)。
再者， 知道什麼應用需要什麼樣的水質亦相當必要。 一般來說， Type 1 超純水是用在實驗室較重要的實驗， 例如 HPLC 或 IC 移動相的製備； 空白樣品的製備； HPLC, IC, GC,AA, ICP-MS 等等的標準品及樣品稀釋； 哺乳動物細胞培養緩衝液及培養基的配製； 分子生物實驗的溶劑配製； 電泳或西方墨點法等實驗的溶液配製等。Type 2 純水則是用在較一般的實驗， 例如緩衝溶液及微生物培養基的配製， 或當作其他實驗儀器的進水 (如 Type 1 超純水系統、 生化分析儀、 洗瓶機、 細胞培養箱、氣候測試儀等)。 最後， type 3 純水是最低階的實驗室用水， 一般用於玻璃器皿的潤洗、 加熱水浴槽、蒸氣滅菌釜， 或當作 Type 1 超純水系統的進水。
依照您的情況， 您需選擇一個可以去除水中污染物質並產製純水或超純水的系統。 因為沒有一項技術可以去除所有的污染物質， 因此， 純水系統中需要結合數種純化技術來產製所需的純水及超純水。 在您評估的過程中， 需特別注意純水系統中有哪些純化技術，是否去除您在意的污染物質， 以確保持續得到穩定且高品質的純水， 同時將運行成本降到最低。
2. 評估您所需的總水量
依照您實驗室的用水點及應用種類， 您可計算一天實驗室所需不同水質種類及總量為何。這將可做為一項基本資訊， 供您與純水系統供應商討論可能的建議及選擇。 在評估水量的時候， 別忘了考慮可能有幾日特殊大水量需求的可能性。
3. 水質偵測及資料追溯性的重要
知道您純水系統持續產製您所需的水質， 是一件很基本且重要的事。 系統中經常使用的偵測工具有比阻抗計 (resistivity monitor)， 可測量水中的離子含量 (18.2 MΩ 的讀值表示產水中幾乎沒有離子)； 總有機碳偵測儀 (TOC monitor)， 測量水中存在的總有機物質。依據您的應用， 選擇需要的污染物質測量工具， 是選擇純水系統一項重要的因素。
水質的追溯及記錄是另一個重要考量， 尤其在法規環境下工作的實驗室。 默克純水系統可安裝 Millitrack® 軟體， 不但強化數據的管理及控制， 更可以遠端監測系統的運作狀況， 並有長時間電子資料存檔的功能。
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